长安城：在山路上，遇见一白苗人开的食店，店主盖罗娇招待主角两人，这时候石长老带着赵灵儿经过，盖罗娇为了不使两主角陷入战场，于是迷昏了两主角。盖罗娇领兵与石长老对战，石长来眼看敌不过，于是使用绝招赤血毒焰与众人同归于尽，盖罗娇晓幸生还。路过的剑圣见状，以为众人为赵灵儿所杀，于是捉走了赵灵儿。赵灵儿的呼喊声惊醒了昏迷的两主角，两人出来救醒了盖罗娇。盖罗娇叙述事情发生后离去，两人进入京城区，遇见了林月如的阿姨云姨，并得知刘晋元得了怪病，众人乘船进入京城。 来到尚书府{左边数起第二位门卫阿辉请求主角帮他送情书给阿香姑娘，进房子把情书给阿香，阿香把一玉佩托你带给阿辉，但阿辉却说不是他的。把玉佩出示给右边数起第二位门卫阿德，他会表示是他的玉佩并收回，然后主角再次进去把事实告诉阿香}，和云姨见面后，从房子左边的出口来到后花园刘晋元房间，发现刘晋元正病倒在地，刘晋元夫人彩依急忙来到，并给刘晋元服药，刘晋元熟睡过去，彩依以刘晋元要休息为理由，把主角请了出去。两人离开刘晋元房间，遇见丫环告知去用餐。午餐过后两人到京城游玩（可向云姨拿到赞助）{京城街尾一人家女主人向你打听古董商的事情，主角把从古董商拿到的布包环给女主人，女主人把紫金葫芦送给了主角，并且主角学会了灵葫咒}{京城街尾一乞丐向主角讨钱，二人不给，并询问乞食原因，得知其妻子苏式在怡红院做妓女，于是李逍遥到打怡红院，在二楼问过递水的姑娘后在二楼最右方找到苏式，却发现事情完全和乞丐所说相反。于是两主角回到乞丐那教训教训他。}{遇见在扬州的算命仙。李逍遥认为算命仙的预言很准，于是补交了钱。}。在桥边有一乞丐，要向主角卖消息，要求收取主角身上一半的钱，主角答应后得知很多关于彩依的秘密，但认为是谣言{乞丐还会向你卖第二则消息，关于怡红院的莹姑娘，但主角再去怡红院找莹姑娘时，发现原来是个肥婆}，准备离开，遇见尚书府的丫环慌忙前来通知两主角回去尚书府有急事。李逍遥和林月如回去后发现原来是林天南到来。林天南要求和李逍遥过招，来到了后花园的黑蜘蛛森林入口前，但最终无法战胜李逍遥认老而归。林月如找到李逍遥又遇见了彩依，于是两主角再次来到刘晋元房间，发现刘晋元不愿意喝药，认为彩依是在害他，彩依无奈，使用仙术使刘晋元熟睡过去，然后离开。躲在屏风背后目睹一切的主角出来唤醒了刘晋元，刘晋元马上出去找云姨要告状彩依。来到后花园，刘晋元遇见了云姨，述说了一切，云姨让丫环安置了刘晋元，找两主角帮忙请法师给刘晋元检查。两人拿到云姨给的钱后来到尚书府门前的酒家，上到二楼，找到了法师，并带到尚书府刘晋元房间检查，却被妖术玩弄而吓跑了。两主角离开房间，发现整个后花园被迷昏香气所弥漫，众人以昏迷，两主角屏住呼吸冲出尚书府。在尚书府门口的池塘上发现一“浮尸”，于是好心把他捞起来，却发现原来是酒剑仙。酒剑仙醒来也觉察到尚书府内有妖气，于是要主角到屋内找蜡烛、符纸、檀香和酒（酒要自带或到请道士的那间酒家的掌柜那里买）给他做法事。物品拿齐后来到尚书府后花园的祭台，酒剑仙开始发功，却呼呼醉晕过去了（此时花园的迷昏香气已经消失），林月如自己出去找妖精，李逍遥也跟着出去，在后花园中遇见林月如正对付变成蝴蝶精的彩依，李逍遥也加入战斗。彩依中途抱起刘晋元飞入了黑蜘蛛森林，两人跟着来到北部森林，在林中深处遇见彩依和毒娘子一起，得知误会了彩依，于是两人上前和毒娘子战斗。毒娘子不敌两主角，于是变为毒蜘蛛精形态战斗，正当主角们战斗地疲惫不堪，忽然天上飞来酒剑仙飞剑插入了毒蜘蛛精头额，消灭了毒蜘蛛精并从她身上拿到了雷灵珠。由于毒蜘蛛精死去，无法解刘晋元的毒，彩依把自身千年道行注入刘晋元体内以换取刘晋元十年生命，自身变回一普通的蝴蝶，在回忆中离开（过去刘晋元曾经把蝴蝶形的彩依从毒蜘蛛精的网中救出，不振被毒蜘蛛精咬了一口。彩依为了报恩才变成人形照顾刘晋元）。事情结束，酒剑仙要回蜀山，两主角知道剑圣也在蜀山，为追寻赵灵儿下落，于是和酒剑仙一起乘飞葫芦来到蜀山。
蜀山派：在蜀山遇见了剑圣，找到了小石头并得知赵灵儿被关到锁妖塔去了，主角两人决定启程到禁地锁妖塔解救赵灵儿。酒剑仙眼看无法劝说李逍遥，只好把雷灵珠送给李逍遥，并把酒神咒、醉仙望月步和仙风云体术传授给李逍遥，作为师徒间的礼物。两主角出发，通过铁链阵来到锁妖塔。从锁妖塔顶层出发一直向下层走，中途遇见蜀山弟子的灵魂得到七星剑，蜀山弟子误认为李逍遥是蜀山弟子却来此禁地，于是替蜀山处罚李逍遥，但最终战败于李逍遥和林月如，灵魂也因此得到解放，其女儿姜婉儿出现答谢两主角。随后在下面层解救了天鬼王，天鬼王要以吃了主角们作为报答（很奇怪的报答方式），但最终被主角劝服，以帮两人打开通向下一层的通道作为报答。来到该层北面，天鬼王出现打开了通向下层的大门。之后还遇见了沉思鬼阻拦路，无奈主角们在该层找到了自认为聪明过人的书中仙帮忙解答了沉思鬼的疑问，最后通向底层七星盘龙柱。在那里，李逍遥终于遇见了变成蛇身地赵灵儿，锁在其中一龙柱上。伤心的李逍遥回忆起过去的事情，并想起被忘忧散所忘却的记忆。两人解救了赵灵儿下来，却招到镇狱明王的阻止。三人合力打败镇狱明王后，天鬼王等妖怪出现，表示佩服主角们，并希望他们能想到离开锁妖塔方法。书中仙告知主角们从化妖池水底击破所有龙柱就能解救大众，于是三人到附近找到进入化妖池入口，进入水底并消灭所有盘龙，锁妖塔随之崩溃。天鬼王和众小妖顺利逃离；姜婉儿更来到尚书府门口，被云姨收留，但主角三人，林月如在救李逍遥和赵灵儿时被压下来的碎石压倒。
圣姑家：从锁妖塔顶层出发一直向下层走，中途遇见蜀山弟子的灵魂得到七星剑，蜀山弟子误认为李逍遥是蜀山弟子却来此禁地，于是替蜀山处罚李逍遥，但最终战败于李逍遥和林月如，灵魂也因此得到解放，其女儿姜婉儿出现答谢两主角。随后在下面层解救了天鬼王，天鬼王要以吃了主角们作为报答（很奇怪的报答方式），但最终被主角劝服，以帮两人打开通向下一层的通道作为报答。来到该层北面，天鬼王出现打开了通向下层的大门。之后还遇见了沉思鬼阻拦路，无奈主角们在该层找到了自认为聪明过人的书中仙帮忙解答了沉思鬼的疑问，最后通向底层七星盘龙柱。在那里，李逍遥终于遇见了变成蛇身地赵灵儿，锁在其中一龙柱上。伤心的李逍遥回忆起过去的事情，并想起被忘忧散所忘却的记忆。两人解救了赵灵儿下来，却招到镇狱明王的阻止。三人合力打败镇狱明王后，天鬼王等妖怪出现，表示佩服主角们，并希望他们能想到离开锁妖塔方法。书中仙告知主角们从化妖池水底击破所有龙柱就能解救大众，于是三人到附近找到进入化妖池入口，进入水底并消灭所有盘龙，锁妖塔随之崩溃。天鬼王和众小妖顺利逃离；姜婉儿更来到尚书府门口，被云姨收留，但主角三人，林月如在救李逍遥和赵灵儿时被压下来的碎石压倒。 李逍遥梦见林月如后醒来，发现在圣姑家（三人被剑圣救起）。圣姑告知李逍遥赵灵儿怀孕并受伤了，需要李逍遥找需要凤凰蛋壳、麒麟角做药材医治，但林月如已经无法救治。李逍遥在林月如遗体前大哭。圣姑送走了剑圣，李逍遥也出发先到神木林找凤凰蛋壳。千辛万苦找到凤凰并把它赶跑并得到风灵珠，却被阿奴偷走了凤凰蛋。李逍遥追阿奴，不振被掉到树下。阿奴用卖魂术救醒了李逍遥，阿奴知道李逍遥的目的后答应凤凰蛋孵出小凤凰后才把凤凰蛋壳给李逍遥，但要李逍遥协助她到树洞偷木道人收藏的宝物。进入树洞中，来到宝物收藏地却没有找到水灵珠，只好拿了其他宝物后离开。{欲进入桃花源，发现很大雾无法通过，于是使用风灵珠吹散大雾，在桃花源找到桃源村，遇见阿桃等人并得知村长被木道人抓去了，于是启程找木道人。途中遇见宋公子，在他指引下找到木道人并消灭了他，救出了村长。村长成全了宋公子和阿桃姑娘的这一对，并为了感谢主角两，赠送了寿葫芦，之后村民全部变回桃树，主角们也离开桃花源}回到圣姑家，得知阿奴是圣姑徒弟。之后两人起程去大理城。从圣姑家出来的东北面的树洞进去，上山后走过木桥就来到了大理。
大理城：到达大理，此时大理正泛旱灾。{麒麟洞门口的一户人家，一男子向主角兜售仙剑，并要求主角用身上全部的钱购买。但购买后，男子马上开溜，两主角才发现上当受骗了。}阿奴和李逍遥试图进入麒麟洞，可惜被两个守卫拒绝。于是阿奴又到大理的东北边找到娘亲（南蛮王，族长）{遇见一红衣裳村民，发现他为黑苗族间谍，并将他消灭}，又因为他们开会而赶了阿奴出来。但从会场下来发现一看守麒麟洞的守卫抓到一黑苗士兵，准备前去报告。阿奴灵机一动，带李逍遥再次来到麒麟洞，命令剩下的守卫去找走开的守卫，于是骗走了守卫，进入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，并与之战斗。火麒麟最终化做人型，了解主角来的目的后送出了自己的麒麟角，并告诉两人到女娲神殿一趟。两人按麒麟老人意思来到女娲神殿，李逍遥在跪拜女娲象时，忽然发现女娲象很象赵灵儿，于是走上石象前，还被吸了进去。李逍遥随后见了赵灵儿娘亲巫后，巫后要李逍遥回去十年前做一件他应该做的事。 于是李逍遥回到十年前黑苗族地方，遇见了十年前的赵灵儿和她的姥姥正被黑苗人围困。李逍遥上前杀退了敌人，使赵灵儿和姥姥顺利乘凤凰离开。李逍遥为了掩饰身份，换上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船来到南绍此时南绍正泛洪水。李逍遥来到南绍宫殿，发现拜月教主准备号召各黑苗士兵消灭巫后以消水患。李逍遥进入宫殿，从殿内右上角入口进入底下监狱，找到巫后，并劝服了巫后逃生。巫后拜托李逍遥帮她找她的天蛇杖。于是李逍遥上回地面，从宫殿的左上角入口进入地下，把巫后告诉李逍遥的暗号传达给看守入口的石长老，于是石长老让你进去取天蛇杖。李逍遥拿到天蛇杖回到监狱并交给了巫后，两人正要离开，拜月教主和巫王带领士兵来到阻挠。拜月教主使用法术逼巫后变成蛇形，李逍遥正想阻挠敌人，被巫后拉着一同跳入水中。不料拜月教主在水底养了水魔兽，并且在水中会有不灭之身。两人只好一直逃走，最后走投无路。巫后使用风咒把李逍遥送上水面，自己和水魔兽同归于尽。李逍遥回到地面，却又遇见追赶而来的拜月教主。正巧石长老也来到，拜月教主命令石长老对付李逍遥，但却被李逍遥击败。石长老不甘失败，准备使用绝招赤血毒焰，此时凤凰飞来，抓伤了石长老的左眼并带走了李逍遥。凤凰把李逍遥带到了曾经出现在李逍遥梦中的罗刹洞。李逍遥通过了洞内迷宫并找到罗刹鬼婆将她真正消灭。此时林月如忽然出现，并和李逍遥开战，使李逍遥很困惑。幸好书中仙出来提醒李逍遥这是幻觉与现实的较量，必须相信自己的判断。于是李逍遥克服了心魔，消灭了冒牌的林月如。此时凤凰再次出现，把李逍遥带到了十年前余杭的山神庙。李逍遥看见了十年前的自己并告诉他山神庙内有一受伤女子（赵灵儿的姥姥）请求帮忙。李逍遥进去庙内，女子请求李逍遥拿着凤纹手绢找灵月公主前来帮忙。李逍遥来到余杭码头，向一商船船主出示凤纹手绢，商人还原为灵月公主，回去帮助山神庙内的女子。灵月公主和赵灵儿姥姥等人正准备告别李逍遥，李逍遥上前询问如何结束一场梦，得知只要完成要做的事情就能回到现实。灵月公主离去，此时李逍遥的婶婶前来寻找小李逍遥。李逍遥回到山神庙附近，遇见正在帮婶婶寻找小李逍遥的香兰，随后李逍遥从山神庙往下走来到自己过去最喜欢去的地方，并发现一个盒子内装有水灵珠，此时小李逍遥忽然出现，并收起了盒子。李逍遥提出用木剑交换盒子内的水灵珠，小李逍遥同意，于是李逍遥得到了水灵珠。但还是没有回到现实。来到码头，遇见以为正急于聘请船工的商人，李逍遥闲着没事做，于是上船帮忙，随船来到苏州。在苏州城门口忽然发现十年前的林天南和林月如，此时四周朦胧，李逍遥回到了现实。李逍遥回到大理的女娲神店，此时凤凰蛋已经孵出了凤凰，得到了凤凰蛋壳。李逍遥和阿奴回到圣姑家，不久李逍遥和赵灵儿的女儿李忆如出世。圣姑拜托李逍遥从屋后去试炼洞帮忙寻找36个傀儡蛊。李逍遥独自出发，却在路上遇见了正在训练毒兽的盖罗娇。盖罗娇以为李逍遥前来偷看机密，于是和李逍遥交战起来。此时阿奴赶到，并向盖罗娇解析清楚，两人才解除误会。阿奴和李逍遥进入试炼洞{试炼洞内遇到一太小的洞，主角无法进入，于是阿奴放出自己饲养食蛊鸟进入洞中食蛊。食蛊鸟出洞后会产下很多蛊卵}{试炼洞底下每层都有一座女娲遗迹，每座遗迹中可以找到呼唤神仙的咒文，一共有五个地点，可以学到五种咒文}，收集足够傀儡蛊后回到圣姑家交给圣姑。不久赵灵儿康复，加入主角队伍，开始起程到大理的女娲神殿。来到大理，发现黑苗人前来偷袭，一路杀敌，主角们来到女娲神殿。赵灵儿跪拜娘亲的石象，女娲象显灵，并把圣灵珠、圣灵披堸和天蛇杖传授给赵灵儿。三人下一层阶梯，由神殿东北面走去来到祭雨坛。赵灵儿把圣灵珠安放在坛边的石碑上，坛的四周立即出现四个台座。把水、土、风、雷、火灵珠按照：火雷水风土顺序摆放在台座上，五灵珠显灵，赵灵儿念起了祈雨咒文，随即大雨降临，大理干旱大地回复生机，黑苗人以为女娲显灵，统统慌忙逃跑。白苗人民马上召开庆祝大典，不料黑苗派来的地魔兽从地面冒出，三为主角前去消灭之，决定继续前进彻底消灭拜月教。从地魔兽出现底苗神殿往南绍城地下迷宫。
南绍城：通过无底深渊，三人来到南绍城，在南绍大殿上，赵灵儿在大厅与巫王见面，此时拜月教主出现，并使两手下与三位主角开战。战胜两手下后，趁众人不镇，巫王手变成尖刀，插入赵灵儿后背，赵灵儿受重伤。巫王变成树精，众人才知道此巫王由树精变成，真正的巫王已经被拜月教主所杀。气愤的李逍遥和阿奴消灭了树精。阿奴紧跟着给赵灵儿急救，李逍遥冲出大厅，找拜月教主报仇，一会儿阿奴也赶到。赵灵儿奇迹般复活过来出现在两主角间。三人齐心协力打败了拜月教主。拜月教主不甘失败，跳入的水池。众人以为已经胜利时，忽然听见水底水魔兽的声音，因此决定下水把水魔兽消灭。 来到水底，遇见了水魔兽，惊奇的发现拜月教主啖食了水魔兽，并与水魔兽结合为一体。三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争，终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开，血液流到水中，竟被临终的拜月教主吸取（赵灵儿流有女娲血统）而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人，赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面，掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中，李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力，决定完成娘亲未完成的事情，以自己的身体自身爆破封印拜月教主。战斗结束。夕阳，李逍遥和阿奴站在屋顶，只看见赵灵儿的天蛇杖回到地面，却不见赵灵儿的身影。李逍遥也要离开阿奴踏上回归的路。依依不舍的阿奴在山头吹起送别的笛声。回归的路上，李逍遥遇见了复活的林月如（这就是圣姑要你找36条傀儡虫的作用了），正抱着忆如，等待着李逍遥……职员表完了之后，又回到了盛鱼村，玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店，一名蛮不讲理的客人要求换椅子，学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前，把事情告诉夫木匠师傅，木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥正要跳到对面的山崖，秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，又是个风卷云残，预告仙剑2代剧情……
月如版隐藏结局：
时机：把收集的36只傀儡虫交给圣姑之前。
条件：在罗杀洞1（梦境）时，没有问土妖，金钱也必须是0。
物品：
七大毒蛊:金蚕蛊，孔雀胆，血海棠，断肠草，无影毒，三尸蛊，鹤顶红。
鞭子系列：长鞭，九节鞭，金蛇鞭。
法宝系列：吸星锁，捆仙绳，雷火珠，血玲珑。
武器系列：金童剑，玉女剑，越女剑，凤鸣刀。
暗器系列：银针，袖里剑，透骨钉，梅花镖，无影神针。
其他物品：聚宝盆，七彩玉灵芝，灵心珠，六十六只傀儡虫，九只金蚕王。
只要有以上物品及符合条件，对大林月如直接按回车键，只要看见林月如身上发光，就成功了！
灵儿版隐藏结局：
时机：替圣姑去试炼窑收集36只傀儡虫之前。
物品：
咒符系列：风灵符，水灵符，土灵符，雷灵符，火灵符，天师符。
毒物系列：忘魂花，紫罂粟，醍醐香，迷魂香，尸腐肉，蝮蛇涎，缠魂丝。
毒虫系列：蜂巢，毒龙砂，赤蝎粉，化尸水。
装备系列：玉镯，丝衣，香袋，绣花鞋，仙女剑，青丝巾，青锋剑，金罡珠，五毒珠。
其他物品：青龙碧血玉，七颗女娲石，糖葫芦，寿葫芦。
只要有以上物品及符合条件，对灵儿使用青龙碧血玉，只要听到李逍遥在仙灵岛偷看灵儿洗澡的音乐，就表示成功了！
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