Opening CG
20XX年肯尼亚图尔卡纳湖，考古学家所率领的挖掘队发现了磁气物质ゾハル的遗迹，他们断然没有想到，这种沉睡在地底时间超过人类的物质会给以后迈向太空的人类造成多大的影响…… 
4000年后，KOS-MOS启动试验
エンセフェロン模拟战斗区域（希腊语中的 “脑”） 
模拟战斗区域的敌人都不是很强，尤其是KOS-MOS在的情况下。在sAve点附近打倒“トレ—ムSPX”可以得到“ミッションキ—”，用来打开里面的房间，和boss“トレ—ムGX”战斗。可以使用A.G.W.S. 
战斗结束后返回ヴォ—クリンデ。这里可以再度挑战，当主角一个人再次进入エンセフェロン的时候，到原来打BOSS的地方会发现红色的盒子，打开后得到机器人对战游戏的进入执照“バトルパスポ—ト”，以后在带有EVS字样的记录点使用这个道具就可以打迷你游戏BATTLERING（“电脑战机”）了。 
ヴォ—クリンデ战舰Woglinde
KOS-MOS调整室至第一格纳库
向ブリッジ（舰桥）方向前进（路上有看版地图），此时可以在调整室进入エンセフェロン训练。和第一通路前的男子对话可以交换E-MAIL地址。路上经过紫音自己的房间拿到“调整用デ—タ”，这里可以记录和休息。路上看守三重门的军人很有趣，先跟他对话再启动旁边的switch开关隔离门看看，会有不一般的发现…… 
レアリエン调整室至ブリッジ舰桥
在调整室和レアリエン（合成人类）们对话，发生事件，巴吉尔闯入。继续前进的路上被废弃物碎块挡住路，和旁边操纵钻头机械的男子对话后可以以迷你游戏“DRILLER”的方式来清楚障碍，完成后得到钻头游戏进入执照“ドリルパスポ—ト”和奖励品“アクアジストS”。在红门边的スワガ曹长处得到“セグメントF”，这是个非常重要的道具，用来察看已经发现的隐藏房间和解除钥匙。在第四通路可以和士兵玩追人游戏“かけっこ”，玩3次可以得到3个“アクアジスト”（当然这里作重要的作用是为了发生灵异体袭击事件后，如何有效躲避敌人而作练习）。乘坐电梯可进入ブリッジ舰桥，发生事件。 
A.G.W.S.格纳库至紫音的房间
和格纳库左边房间的人对话得到紫音的武器“M.W.S.”，右边房间的是道具商。和格纳库里右上的人对话可以进入A.G.W.S.战斗练习模式。之后回到紫音的房间休息，发生事件，灵异体来袭。 
紫音的房间至A.G.W.S.格纳库
一边躲避灵异体一边绕道向格纳库方向前进。第一次强制战斗退出，以后就不能再碰到任何灵异体，否则GAME OVER。接下来就看玩家METAL GEAR中练就的潜入本领了。第一个用关门的方法躲避；第二个绕到电影放映机开关给他看电影；第三个要接近引一下再躲进通信室，这里有SAVE点，里面的宝箱呆会儿才能拿。第四个要打开空间门把它吸出去。值得注意的是在第四通路前有两个灵异体包围着一个宝箱，虽然它们不会像其他灵异体那样追赶玩家，但一旦被他们口中的尖刺刺中就立即进入必然game over的战斗，如何去的中间的宝箱需要玩家良好的控制，最重要的是冲入的时机，宝箱里的道具是用来减弱敌人ェテル攻击力的“女神之盾”两枚。继续前进到第四通路和士兵对话得到“破碎プラグイン”，可以回到通信室SAVE点破坏玻璃门打开宝箱得到“デコ—ダ18”（门在第一通路，道具“コ`ト 雷”，而且必须注意宝箱边有灵异体看护，必须在它背过身时迅速拿取）。 
レアリエン调整室至紧急脱出仓
前往KOS-MOS调整室，路上经过スワガ曹长处可以得到“デコ—ダ7”，从船员室门前倒地的男子身上得到“船员部屋の键”。之后和KOS-MOS汇合，这以后就可以和灵异体直接战斗不用逃跑了。巴吉尔在这里会暂时成为同伴，不过为了避免浪费，加上敌人也不算太强，所以干脆不给他装备任何东西。
主要敌人资料：
サイクロップス HP560 EXP560 金800 弱点雷 攻击スプレッドビ—ム　
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